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Yannick Doyon

Professeur titulaire

Yannick Doyon
yannick.doyon.1@ulaval.ca
Regroupement québécois de recherche sur la fonction, la structure et l'ingénierie des protéines
Centre de recherche sur le cancer
Centre de recherche du CHU de Québec - Université Laval
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Contribution à la recherche

Axe de recherche de l'Université Laval :

Santé et bien-être durables

Thématiques de recherche de la Faculté de médecine :

Médecine régénératrice et moléculaire

Domaines et intérêts de recherche du (de la) professeur(e) :

Cancer
Génétique humaine
  • Génome
  • Génomique
  • Maladies génétiques
  • Protéomique
  • Thérapie génique
Santé de la mère, des enfants et des adolescents

Projets de recherche

  • Fonds institutionnel d'exploitation des infrastructures pour l'Université Laval - Fondation Canadienne pour l'innovation (La) - Fonds d'exploitation des infrastructures (FEI), co-chercheur - 2002-04-01 au 2025-03-31
  • Orthologous CRISPR-Cas9 systems for genome editing: discovery, characterization and development for novel biotechnological applications - Instituts de recherche en santé du Canada - Subvention Projet, chercheur principal - 2019-10-01 au 2024-09-30
  • Rewiring the Metabolic Ecosystem to Improve Cellular Immunotherapy - Instituts de recherche en santé du Canada - Subvention Projet, University of Victoria, co-chercheur - 2019-04-01 au 2024-03-31
  • Utilisation des nouvelles technologies d'édition du génome et de séquençage pour améliorer la sécurité des transfusions sanguines - MITACS Inc. - Accélération-Élévation, chercheur principal - 2019-11-01 au 2024-02-01
  • Metabolic Gene-Edited CAR-T Cells For Ovarian Cancer Treatment - Secrétariat Inter-Conseils (Canada) (CRSH, CRSNG, IRSC) - Réseau de centres d'excellence (RCE), University of Victoria, co-chercheur - 2021-07-15 au 2023-07-14
  • Définir le potentiel thérapeutique et les mécanismes d’action de VSTM2A - Fonds de recherche du Québec - Santé - Réseaux thématiques de recherche, co-chercheur - 2022-04-01 au 2023-03-31
  • Engineering, Cloning, Expression and Small Scale Purification of St1Cas9 and variants in Escherichia coli - Conseil national de recherches du Canada, chercheur principal - 2020-03-31 au 2023-03-31
  • Salaire d'un professeur - CHU de Québec – Université Laval – CHUL, Fondation du CHU de Québec, chercheur principal - 2013-09-01 au 2022-06-30
  • Principes fondamentaux et applications thérapeutiques de l'ingénierie des génomes - Fonds de recherche du Québec - Santé - Chercheur-boursier Juniors 1 et 2, Seniors, chercheur principal - 2018-07-01 au 2022-06-30
  • Efficacité de nouveaux variants de St1Cas9 à corriger des déficits observés dans la tyrosinémie héréditaire de type 1, la mucopolysaccharidose de type I et le déficit en alpha1-antitrypsine - Ministère de l'Économie et de l'Innovation, Axelys - Projets de maturation technologique PSO – volet 2d, chercheur principal - 2021-08-09 au 2022-04-09
  • Développement de lignées cellulaires productrices de l’antigène Spike (S) du SARS-CoV-2 - Ministère de l'Économie et de l'Innovation, chercheur principal - 2020-03-26 au 2021-07-03
  • Understanding the pathogenesis of COVID-19 - Instituts de recherche en santé du Canada, Secrétariat Inter-Conseils (Canada) (CRSH, CRSNG, IRSC) - Subvention de fonctionnement : Possibilité de financement canadienne pour une intervention de recherche rapide contre la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), co-chercheur - 2020-03-01 au 2021-02-28

Publications

  • Marker-free co-selection for successive rounds of prime editing in human cells, Sébastien Levesque, Diana Mayorga, Jean-Philippe Fiset, Claudia Goupil, Alexis Duringer, Andréanne Loiselle, Eva Bouchard, Daniel Agudelo, Yannick Doyon, Nature Communications, 2022, 10.1038/s41467-022-33669-z
  • Accessory-cell-free differentiation of hematopoietic stem and progenitor cells into mature red blood cells, Yelena Boccacci, Nellie Dumont, Yannick Doyon, Josée Laganière, 2022, 10.1101/2022.09.14.507311
  • Marker-free coselection for successive rounds of prime editing in human cells, Sébastien Levesque, Diana Mayorga, Jean-Philippe Fiset, Claudia Goupil, Alexis Duringer, Andréanne Loiselle, Eva Bouchard, Daniel Agudelo, Yannick Doyon, 2021, 10.1101/2021.11.02.464583
  • Rewired Cas9s with Minimal Sequence Constraints., , Trends in pharmacological sciences, 2020, 10.1016/j.tips.2020.04.009
  • Versatile and robust genome editing with Streptococcus thermophilus CRISPR1-Cas9., , Genome research, 2020, 10.1101/gr.255414.119
  • Cas9 Allosteric Inhibition by the Anti-CRISPR Protein AcrIIA6., , Molecular cell, 2019, 10.1016/j.molcel.2019.09.012
  • Widespread anti-CRISPR proteins in virulent bacteriophages inhibit a range of Cas9 proteins, Alexander P. Hynes, Geneviève M. Rousseau, Daniel Agudelo, Adeline Goulet, Beatrice Amigues, Jeremy Loehr, Dennis A. Romero, Christophe Fremaux, Philippe Horvath, Yannick Doyon, Christian Cambillau, Sylvain Moineau, Nature Communications, 2018, 10.1038/s41467-018-05092-w
  • Gene therapy in tyrosinemia: Potential and pitfalls, Carter, S., Doyon, Y., Advances in Experimental Medicine and Biology, 2017, 10.1007/978-3-319-55780-9_21
  • Marker-free coselection for CRISPR-driven genome editing in human cells, Agudelo, D., Duringer, A., Bozoyan, L., Huard, C.C., Carter, S., Loehr, J., Synodinou, D., Drouin, M., Salsman, J., Dellaire, G., Laganière, J., Doyon, Y., Nature Methods, 2017, 10.1038/nmeth.4265
  • Preparation and Analysis of Native Chromatin-Modifying Complexes, Doyon, Y., Côté, J., Methods in Enzymology, 2016, 10.1016/bs.mie.2016.01.017
  • The TIP60 Complex Regulates Bivalent Chromatin Recognition by 53BP1 through Direct H4K20me Binding and H2AK15 Acetylation, Jacquet, K., Fradet-Turcotte, A., Avvakumov, N., Lambert, J.-P., Roques, C., Pandita, R.K., Paquet, E., Herst, P., Gingras, A.-C., Pandita, T.K., Legube, G., Doyon, Y., Durocher, D., Côté, J., Molecular Cell, 2016, 10.1016/j.molcel.2016.03.031
  • A Scalable Genome-Editing-Based Approach for Mapping Multiprotein Complexes in Human Cells, Dalvai, M., Loehr, J., Jacquet, K., Huard, C.C., Roques, C., Herst, P., Côté, J., Doyon, Y., Cell Reports, 2015, 10.1016/j.celrep.2015.09.009
  • IL-1α gene deletion protects oligodendrocytes after spinal cord injury through upregulation of the survival factor Tox3, Bastien, D., Landete, V.B., Lessard, M., Vallières, N., Champagne, M., Takashima, A., Tremblay, M.-È., Doyon, Y., Lacroix, S., Journal of Neuroscience, 2015, 10.1523/JNEUROSCI.0498-15.2015
  • In vivo genome editing of the albumin locus as a platform for protein replacement therapy, Sharma, R., Anguela, X.M., Doyon, Y., Wechsler, T., DeKelver, R.C., Sproul, S., Paschon, D.E., Miller, J.C., Davidson, R.J., Shivak, D., Zhou, S., Rieders, J., Gregory, P.D., Holmes, M.C., Rebar, E.J., High, K.A., Blood, 2015, 10.1182/blood-2014-12-615492
  • Cancer translocations in human cells induced by zinc finger and TALE nucleases, Piganeau, M., Ghezraoui, H., De Cian, A., Guittat, L., Tomishima, M., Perrouault, L., René, O., Katibah, G.E., Zhang, L., Holmes, M.C., Doyon, Y., Concordet, J.-P., Giovannangeli, C., Jasin, M., Brunet, E., Genome Research, 2013, 10.1101/gr.147314.112
  • Robust ZFN-mediated genome editing in adult hemophilic mice, Anguela, X.M., Sharma, R., Doyon, Y., Miller, J.C., Li, H., Haurigot, V., Rohde, M.E., Wong, S.Y., Davidson, R.J., Zhou, S., Gregory, P.D., Holmes, M.C., High, K.A., Blood, 2013, 10.1182/blood-2013-04-497354
  • Conserved molecular interactions within the HBO1 acetyltransferase complexes regulate cell proliferation, Avvakumov, N., Lalonde, M.-E., Saksouk, N., Paquet, E., Glass, K.C., Landry, A.-J., Doyon, Y., Cayrou, C., Robitaille, G.A., Richard, D.E., Yang, X.-J., Kutateladze, T.G., Côté, J., Molecular and Cellular Biology, 2012, 10.1128/MCB.06455-11
  • Targeted gene addition to a predetermined site in the human genome using a ZFN-based nicking enzyme, Wang, J., Friedman, G., Doyon, Y., Wang, N.S., Li, C.J., Miller, J.C., Hua, K.L., Yan, J.J., Babiarz, J.E., Gregory, P.D., Holmes, M.C., Genome Research, 2012, 10.1101/gr.122879.111
  • Efficient targeted gene disruption in the soma and germ line of the frog Xenopus tropicalis using engineered zinc-finger nucleases, Young, J.J., Cherone, J.M., Doyon, Y., Ankoudinova, I., Faraji, F.M., Lee, A.H., Ngo, C., Guschin, D.Y., Paschon, D.E., Miller, J.C., Zhang, L., Rebar, E.J., Gregory, P.D., Urnov, F.D., Harland, R.M., Zeitler, B., Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2011, 10.1073/pnas.1102030108
  • Enhancing zinc-finger-nuclease activity with improved obligate heterodimeric architectures, Doyon, Y., Vo, T.D., Mendel, M.C., Greenberg, S.G., Wang, J., Xia, D.F., Miller, J.C., Urnov, F.D., Gregory, P.D., Holmes, M.C., Nature Methods, 2011, 10.1038/nmeth.1539
  • In vivo genome editing restores haemostasis in a mouse model of haemophilia, Li, H., Haurigot, V., Doyon, Y., Li, T., Wong, S.Y., Bhagwat, A.S., Malani, N., Anguela, X.M., Sharma, R., Ivanciu, L., Murphy, S.L., Finn, J.D., Khazi, F.R., Zhou, S., Paschon, D.E., Rebar, E.J., Bushman, F.D., Gregory, P.D., Holmes, M.C., High, K.A., Nature, 2011, 10.1038/nature10177
  • Inducing high rates of targeted mutagenesis in zebrafish using zinc finger nucleases (ZFNs), McCammon, J.M., Doyon, Y., Amacher, S.L., Methods in Molecular Biology, 2011, 10.1007/978-1-61779-210-6_20
  • Rapid and efficient clathrin-mediated endocytosis revealed in genome-edited mammalian cells, Doyon, J.B., Zeitler, B., Cheng, J., Cheng, A.T., Cherone, J.M., Santiago, Y., Lee, A.H., Vo, T.D., Doyon, Y., Miller, J.C., Paschon, D.E., Zhang, L., Rebar, E.J., Gregory, P.D., Urnov, F.D., Drubin, D.G., Nature Cell Biology, 2011, 10.1038/ncb2175
  • Transient cold shock enhances zinc-finger nuclease-mediated gene disruption, Doyon, Y., Choi, V.M., Xia, D.F., Vo, T.D., Gregory, P.D., Holmes, M.C., Nature Methods, 2010, 10.1038/nmeth.1456
  • HBO1 HAT Complexes Target Chromatin throughout Gene Coding Regions via Multiple PHD Finger Interactions with Histone H3 Tail, Saksouk, N., Avvakumov, N., Champagne, K.S., Hung, T., Doyon, Y., Cayrou, C., Paquet, E., Ullah, M., Landry, A.-J., Côté, V., Yang, X.-J., Gozani, O., Kutateladze, T.G., Côté, J., Molecular Cell, 2009, 10.1016/j.molcel.2009.01.007
  • Precise genome modification in the crop species Zea mays using zinc-finger nucleases, Shukla, V.K., Doyon, Y., Miller, J.C., Dekelver, R.C., Moehle, E.A., Worden, S.E., Mitchell, J.C., Arnold, N.L., Gopalan, S., Meng, X., Choi, V.M., Rock, J.M., Wu, Y.-Y., Katibah, G.E., Zhifang, G., McCaskill, D., Simpson, M.A., Blakeslee, B., Greenwalt, S.A., Butler, H.J., Hinkley, S.J., Zhang, L., Rebar, E.J., Gregory, P.D., Urnov, F.D., Nature, 2009, 10.1038/nature07992
  • Targeted transgene integration in plant cells using designed zinc finger nucleases, Cai, C.Q., Doyon, Y., Ainley, W.M., Miller, J.C., DeKelver, R.C., Moehle, E.A., Rock, J.M., Lee, Y.-L., Garrison, R., Schulenberg, L., Blue, R., Worden, A., Baker, L., Faraji, F., Zhang, L., Holmes, M.C., Rebar, E.J., Collingwood, T.N., Rubin-Wilson, B., Gregory, P.D., Urnov, F.D., Petolino, J.F., Plant Molecular Biology, 2009, 10.1007/s11103-008-9449-7
  • Eaf1 Is the platform for NuA4 molecular assembly that evolutionarily links chromatin acetylation to ATP-dependent exchange of histone H2A variants, Auger, A., Galarneau, L., Altaf, M., Nourani, A., Doyon, Y., Utley, R.T., Cronier, D., Allard, S., Côté, J., Molecular and Cellular Biology, 2008, 10.1128/MCB.01755-07
  • Heritable targeted gene disruption in zebrafish using designed zinc-finger nucleases, Doyon, Y., McCammon, J.M., Miller, J.C., Faraji, F., Ngo, C., Katibah, G.E., Amora, R., Hocking, T.D., Zhang, L., Rebar, E.J., Gregory, P.D., Urnov, F.D., Amacher, S.L., Nature Biotechnology, 2008, 10.1038/nbt1409
  • Molecular architecture of quartet MOZ/MORF histone acetyltransferase complexes, Ullah, M., Pelletier, N., Xiao, L., Song, P.Z., Wang, K., Degerny, C., Tahmasebi, S., Cayrou, C., Doyon, Y., Goh, S.-L., Champagne, N., Côté, J., Yang, X.-J., Molecular and Cellular Biology, 2008, 10.1128/MCB.01297-08
  • ING tumor suppressor proteins are critical regulators of chromatin acetylation required for genome expression and perpetuation, Doyon, Y., Cayrou, C., Ullah, M., Landry, A.-J., Côté, V., Selleck, W., Lane, W.S., Tan, S., Yang, X.-J., Côté, J., Molecular Cell, 2006, 10.1016/j.molcel.2005.12.007
  • Mystification and cleverness of tumor suppressors in nuclear functions | La mystification et l'ingéniosité de suppresseurs de tumeurs dans les fonctions nucléaires., Cayrou, C., Doyon, Y., Landry, A.J., Côté, V., Côté, J., Médecine sciences : M/S, 2006
  • Identification and Analysis of Native HAT Complexes, McMahon, S.J., Doyon, Y., Côté, J., Grant, P.A., Methods in Enzymology, 2004, 10.1016/S0076-6879(03)77008-6
  • Structural and Functional Conservation of the NuA4 Histone Acetyltransferase Complex from Yeast to Humans, Doyon, Y., Selleck, W., Lane, W.S., Tan, S., Côté, J., Molecular and Cellular Biology, 2004, 10.1128/MCB.24.5.1884-1896.2004
  • The highly conserved and multifunctional NuA4 HAT complex, Doyon, Y., Côté, J., Current Opinion in Genetics and Development, 2004, 10.1016/j.gde.2004.02.009
  • Effect of C-domain N-glycosylation and deletion on rat pancreatic α-amylase secretion and activity, Doyon, Y., Home, W., Daull, P., LeBel, D., Biochemical Journal, 2002, 10.1042/0264-6021:3620259
  • Role of an ING1 growth regulator in transcriptional activation and targeted histone acetylation by the NuA4 complex, Nourani, A., Doyon, Y., Utley, R.T., Allard, S., Lane, W.S., Côté, J., Molecular and Cellular Biology, 2001, 10.1128/MCB.21.22.7629-7640.2001

Contribution à l'enseignement aux cycles supérieurs

Étudiant(e)s dirigé(e)s*

Depuis 2009
  • Guillaume Margaillan - Post-doctorat - En cours
  • Yelena Boccacci - Doctorat - En cours
  • Jean-François Rivest - Doctorat - En cours
  • Minja Velimirovic - Doctorat - En cours
  • Dafni Synodinou - Doctorat - En cours
  • Simon-Alexandre Lafontaine Gosselin - Maîtrise avec mémoire - En cours
  • Diana Carolina Mayorga Gonzalez - Doctorat - En cours
  • Jérémy Loehr - Maîtrise avec mémoire - 2017/05
  • Alexandre Raymond Fleury - Maîtrise avec mémoire - 2017/09
  • Catherine Giroux - Maîtrise avec mémoire - 2018/01
  • Daniel Agudelo - Doctorat - 2022/01
  • Sebastien Levesque - Doctorat - 2022/09

Encadrement d'étudiant(e)s pour les programmes suivants :

Disponibilité d'encadrement d'étudiant(e)s

Ce (cette) professeur(e) est présentement à la recherche d'étudiant(e)s.

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*Les supervisions d’étudiant(e)s de 1er cycle en stage de recherche et de résident(e)s aux études médicales postdoctorales seront répertoriées ultérieurement.
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